היתרון הבולט בשימוש בפאג'ים הוא שכל נגיף מותאם לתקוף זן ספציפי של חיידק ואין סכנה שיתקוף את תאי הגוף שלנו או חיידקים אחרים שנמצאים בגופנו ותורמים לתפקודו התקין. יתרון נוסף של הפאג'ים הוא שהם מצליחים לפגוע גם במושבות חיידקים מורכבות שנקראותביופילמים– מבנים שמורכבים משכבות של חיידקים המכוסים בשכבת הגנה ובתוכם נוצרות תת-אוכלוסיות של חיידקים רדומים, שאינם פעילים מבחינה מטבולית. רוב סוגי האנטיביוטיקהמתקשים לחדורמבעד לשכבה החיצונית של הביופילם, וגם כשהן כבר חודרות לתוכו הן לא הורגות את החיידקים הרדומים. פאג'ים, לעומת זאת, מצליחים לפרק את המבנים הללו וגם לפגוע בחיידקים הרדומים שבתוכם.